Казанский храм на Государевом дворе был построен при первом царе из династии Романовых - Михаиле Федоровиче в 1630-х годах. Он служил семейной, домовой церковью для царских особ. В 1667 году храм был соединен галереей-переходом с деревянным дворцом царя Алексея Михайловича. С переносом дворца на новое место церковь стала приходским храмом Коломенского. В настоящее время здесь проводятся службы.

Деревянный дом, построенный в 1702 году для Петра I во время его визита в Новодвинскую крепость. В 1877 году домик был перевезен в Архангельск, откуда в 1934 году его доставили в Коломенское и превратили в музейный экспонат. Является единственным в Москве мемориальным музеем, посвящённым Петру I.

Памятник был установлен крестьянами села Шайдорово, недалеко от Царицыно, в благодарность императору Александру II после его смерти в 1881 году. В 1970-е годы при сносе домов деревни Шайдорово под новое строительство, мемориал был перевезен в музей-заповедник «Коломенское» на хранение.

Деревянный царский дворец был построен во второй половине XVII века. Современники прозвали загородный государев терем «восьмым чудом света». Он напоминал сказочный городок и поражал иностранцев своим декором и затейливой архитектурой: беседки, шатры, крылечки. Разобран дворец примерно в 1767 году, при этом фундаменты сохранились. В 2010 году на незастроенной территории «Коломенского» возведена реконструкция дворца в натуральную величину. Фасады и общая планировка довольно точно повторяют исходное сооружение, так как воссозданы по чертежам, созданным по приказу Екатерины II.

Один из первых памятников деревянного зодчества был перевезен в Коломенское с территории бывшего села Преображенского в 1927 году. Это хозяйственная постройка бывшего Николаевского Единоверческого монастыря, служившая кухней для приготовления напитков на основе меда.

Сохранившиеся главные ворота Государева двора царя Алексея Михайловича Романова были построены примерно в 1673 году. Парадный въезд в Коломенское в то время осуществлялся со стороны Москвы-реки, и именно через эти ворота иностранные послы попадали в летнюю резиденцию правителя. На въезде гостей страшным ревом встречали механические львы, поставленные перед обоими фасадами. «Органным устройством», создававшим имитацию львиного рыка, управлял часовой механизм. С северной стороны к Передним воротами примыкали каменные палаты Приказной избы. С южной - Полковничьи палаты и помещение ледников с водоотводом. В 2002-2003 годах была проведена масштабная реставрация ворот. Сегодня здесь расположена музейная экспозиция.

По преданию, в XIV веке на этом месте стояла деревянная церковь, которую московский князь Дмитрий Донской приказал возвести в честь великомученика Георгия и в память о битве на Куликовом поле. Колокольня современной церкви Георгия Победоносца была построена в середине XVI века и вначале относилась к стоящему рядом храму Вознесения. В XVII веке к колокольне было пристроено деревянное здание трапезной, и возникшая таким образом Георгиевская церковь была освящена в 1678 году.

Башня была построена во второй половине XVII века для обеспечения водой дворцов загородной царской резиденции в Коломенском. В ней с помощью механизмов вода поднималась из колодца в резервуары и по трубам разводилась к постройкам. Башня использовалась и как проездные ворота, ведущие в Вознесенский сад и дворцовое село Дьяково. В XVIII веке, когда столицей становится Петербург, царские особы редко посещают Коломенское. И водонапорная башня больше не используется.

Храм был построен в 1528–1532 годы во время правления Василия III, согласно легенде, как моление о наследнике Иване Грозном. Вознесенская церковь стала первым каменным шатровым храмом на Руси. Вероятно, в его строительстве принимал участие итальянский зодчий Анибале. Место для церкви Вознесения выбрали на крутом берегу, в основании которого бил ключ, считавшийся чудодейственным. Чтобы перекрыть источник, а также уравновесить постройку, стоявшую на склоне, в основание фундамента была заложена огромная искусственная скала. В восточной части, окружающей подклет галереи Вознесенской церкви, находится белый трон, с которого отец Петра I Алексей Тишайший наблюдал за учениями своего войска, казнил и миловал. Церковь Вознесения Господня была домовой и предназначалась только для царской семьи и знати. Сейчас храм занесен в список всемирного наследия ЮНЕСКО.

Единственная сохранившаяся на территории музея-заповедника часть утраченного дворца императора Александра I. Дворец был построен в 1825 году на месте обветшавшего екатерининского дворца, однако император даже не успел его посетить из-за своей кончины. В 1870-е годы заброшенный дворец был разобран. От него сохранилась единственная постройка — павильон, служивший чайным домиком или домашним театром.

Единственный, помимо собора Покрова на Рву, сохранившийся многостолпный храм XVI века. Церковь находится на территории бывшего села Дьяково, ставшего частью заповедника Коломенское. Надгробные плиты 1534 и 1535 годов, использованные при постройке церкви, косвенно указывают на то, что она строилась после 1535 года. Предположительно, ее возведение было приурочено к венчанию Ивана Грозного на царство.

Храм построен в 1685 году на берегу реки Ерги (Архангельская область) на средства прихожан. Во второй половине XX века деревни бывшего прихода практически опустели, а церковь стояла заброшенной. Реставрация храма проводилась по проекту художника Ивана Глазунова, который и обнаружил церковь. Постройка была восстановлена почти в оригинальном облике.

Сумской острог – оборонительная крепость XVI–XVII века, располагавшаяся на берегу Белого моря. К настоящему времени от Сумского острога осталась только одна Моховая башня. Она хранилась в разобранном виде в фондах музея-заповедника «Коломенское». Это чуть ли не единственный памятник деревянной оборонной архитектуры в России.

Одна из четырех угловых башен Братского острога, сооруженного казаками в 1652 году на реке Ангаре. В XIX веке оставшиеся части острога вошли в ограду главного храма села Братского. При строительстве Братской ГЭС территория острога оказалась в границах водохранилища. Одна из башен была перевезена на сохранение в музей «Коломенское», где были восстановлены ее утраченные элементы.

Спасские ворота были построены в 1670-х годах вместе со стенами Государева двора и служили въездом в хозяйственную часть дворцовой усадьбы. Название ворот происходит от одной из икон над проездными арками – образа Спасителя. Ворота имеют два проезда: широкий для обозов с грузами и узкий для пешеходов. С юга к воротам примыкали два помещения Стрелецких караулен. Ворота были реставрированы в начале 2000-ых годов.

Столб предназначался для подачи жалоб и просьб правителю, на нем также размещали царские указы. Столб стоял у главного фасада несохранившегося дворца царя Алексея Михайловича. Отнесен к памятникам архитектуры XVII века.